La réponse est très simple et tient en quelques lignes. Pointez votre souris sur le bouton que vous souhaitez supprimer. Effectuer un clic droit (Ctrl + clic) sur celui-ci. Vous ferez apparaître une ligne "Supprimer la fenêtre des préférences" pour l'application concernée.

Il ne vous reste plus qu'à cliquer pour valider l'action. Mac OS X vous demandera toutefois de saisir votre mot de passe pour confirmer la suppression.

Il est à noter que cette action n'est valable que pour les menus présents dans la rubriques "Autre" et c'est bien normal. Les autres menus sont indispensables pour paramétrer votre Mac. Dans cette rubrique, vous n'y trouverez que des réglages portant sur des applications installées à postériori.